Président de la LPO (Ligue de Protection des Oiseaux), Allain Bougrain-Dubourg est membre du CESE (Conseil Economique Social et Environnemental) et écologue.
Il travaille dans ce cadre sur les propositions de lois sur la biodiversité et la condition animale. Il écrit régulièrement des ouvrages sur la préservation de la diversité des espèces animales et est l'invité régulier des radios nationales en tant que chroniqueur (France-Inter, RTL, Europe 1).