François Kieffer commence ses études au Conservatoire à Rayonnement Régional de Limoges puis intègre le Conservatoire à Rayonnement Régional d'Aubervilliers dans la classe de Florian Lauridon. Il se voit attribuer le premier prix. Il poursuit sa formation au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris dans la classe de Philippe Muller et de Daria Hovora, où il obtient son premier prix de musique de chambre à l'unanimité ainsi que son Prix de violoncelle.
Depuis son adolescence, François Kieffer est passionné par le quatuor à cordes. Il fonde en 2003 avec trois de ses amis le Quatuor Modigliani. Le quatuor est alors composé de Philippe Bernhard (violon), Loïc Rio (violon), Laurent Marfaing (alto) et François Kieffer (violoncelle).
Le groupe remporte successivement trois Premiers Prix aux Concours Internationaux d’Eindhoven (2004), Vittorio Rimbotti de Florence (2005) et aux prestigieuses Young Concert Artists Auditions de New York (2006). Dès lors, les quatre hommes entament une carrière internationale au Japon, aux États-Unis, en Australie ou encore en Europe.
Après avoir reçu l'enseignement du Quatuor Ysaÿe, puis suivi les masterclasses de Walter Levin et de Gyorgy Kurtag, le Quatuor Modigliani est invité à travailler aux côtés du Quatuor Artemis à l'Université des Arts de Berlin.
En musique de chambre, les partenaires de François Kieffer ne sont autres que Renaud et Gautier Capuçon, Gérard Caussé, Nicholas Angelich, Katia et Marielle Labèque, Sabine Meyer, Gary Hofmann, Julian Rachlin, Franck Braley, Michel Dalberto, les Quatuors Ysaÿe, Emerson…
Après presque 20 ans d'expérience, François Kieffer s’investit auprès des générations suivantes :
- En 2014, il a relancé, avec le Quatuor Modigliani les Rencontres Musicales d'Évian, après treize ans d'interruption.
- en 2016, il a créé, avec le Quatuor Modigliani, l’Atelier des Rencontres musicales d'Évian. C'est aussi en 2016 que le quatuor dans lequel François Kieffer s'investit évolue, après le départ de Philippe Bernhard. Aujourd'hui, le quatuor est composé d'Amaury Coeytaux (violon), Loïc Rio (violon), Laurent Marfaing (alto) et de lui-même (violoncelle).
- Depuis 2017, le groupe donne une série de masterclasses au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris.
- Le quatuor assure aujourd'hui la direction artistique du Festival de Saint-Paul de Vence ainsi que celle du Festival de musique de chambre d'Arcachon.
- Le groupe se voit également confier la direction artistique de Quatuors à Bordeaux en janvier 2020.
François Kieffer joue avec un violoncelle de Matteo Goffriller « ex-Warburg » de 1706, et avec un archet de Dominique Peccatte de 1850.